آیت الله غفاری چون نیاکان شهیدش با هر نوع استبداد مبارزه می‌‌کرد. زبان حق‌گوی او در اوج خفقان رژیم شاهی رسواگر و افشاگر باطل بود. وی زمانی به مبارزات خود شدت بخشید و بر رژیم خودکامه و مستبد و خونخوار شاه حمله برد که روشنفکران خودفروخته و کمونیست‌ های ملحد از رژیم منحوس شاه تجلیل می‌‌کردند.

این مجاهد نستوه بی ‌اعتنا به یاوه‌ سرایی ‌های گروهک های چپ و راست، ابوذرگونه به شاه ظالم می‌‌تاخت. همزمان با قیام تاریخی حضرت امام خمینی(ره) در سال ۱۳۴۲ شمسی؛ آیت الله غفاری پشت سر امام از آرمان‌ های والای او پشتیبانی نمود و دوران رنج و محنت و زندان و حبس را سپری نمود. در طول تحصیل در قم نیز هرگاه فرصتی می ‌‌یافت به روستاها و شهرهای اطراف می ‌‌رفت و به مبارزات پیگیر با استبداد همچنین به اشاعه فرهنگی غنی اسلام می ‌‌پرداخت و اذهان پاک روستائیان را از غبار نیرنگ ‌های رژیم مستبد شاه می ‌‌زدود.

 

به طور کلی حبس ‌های شهید غفاری از سال ۱۳۴۰ آغاز و تا دی ماه ۱۳۵۳ شمسی ادامه داشت. ۱۳ سال آخر عمر شریفش سراسر مبارزه و جانفشانی در راه آرمان ‌های مقدس امام خمینی(ره) بود. در سال ۱۳۴۱ سخنرانی ‌هایش عموماً به افشارگری مواضع غیراسلامی ‌‌رژیم اختصاص داشت و چندین بار مستقیماً با دستگاه رژیم پهلوی درگیر شد.

آيت‌الله غفاري سرانجام در زندان براثر شكنجه و فشارهاي وارده در تاريخ ششم دي‌ماه 1353 به شهادت رسيد. اداره ساواك دو روز پس از آن، در شانزدهم دي‌ماه خبر فوت ايشان را به خانواده وي اعلام و از آنان درخواست كرد كه بي‌سروصدا و بي‌آنكه به كسي چيزي بگويند براي تحويل جنازه به دادستاني ارتش مراجعه كنند.