تنها باری که ژاپنی ها در رقابتهای انتخابی جام جهانی در استادیوم آزادی به میدان رفتند به مرحله مقدماتی جام جهانی 2006 بازمی گردد. ژاپنی که در آخرین مرحله انتخابی جام جهانی با ایران، کره شمالی و بحرین همگروه بودند در اولین دیدار خود به لطف گل واپسین ثانیه های بازی،(2-1) کره شمالی را شکست دادند و آن گاه برای مسابقه به ایران سفر کردند. ایران در اولین مسابقه در خاک بحرین به تساوی(0-0) دست یافته بود و در روز 25 مارچ 2005( 5 فروردین 1384) برای برد به مصاف ژاپن می آمد. قهرمان آسیا هم با تمام بزرگان خود به استادیوم آزادی آمد؛ ژاپن با ستارگانی چون هیده توشی ناکاتا به دنبال کسب امتیاز از جهنم آزادی بود.

در این مسابقه که با قضاوت شمس الماعدین سنگاپوری آغاز شد، فریدون زندی برای اولین بار در ایران مقابل هواداران کشورمان امکان بازی پیدا کرده بود. از اتفاقات عجیب و تا حدودی مشکوک این مسابقه تعویض علی دایی در ابتدای بازی به بهانه مصدومیت بود و با  بیرون رفتن او، تیم ملی ایران قدرتی دو چندان یافت. ژاپن در نیمه اول یک گل دریافت کرد اما تاکاشی فوکونیشی در دقیقه 66 بازی را به تساوی کشاند.  با این حال قهرمان وقت آسیا موفق نشد این نتیجه را حفظ کند و یک بار دیگر هاشمیان در دقیقه 75 برای ایران گلزنی کرد.

به این ترتیب ایران 4 امتیازی شد و ژاپن به رده سوم گروه سقوط کرد. شاگردان برانکو ایوانکوویچ که صدرنشین گروه خود شدند، تا لحظه صعود به جام جهانی این رتبه را از دست ندادند.

 در خاتمه این مسابقه هفت تن از هواداران فوتبال کشورمان به دلیل ازدحام جمعیت جان خود را از دست دادند تا این برد تیم ملی با خاطره ای سیاه خاتمه یابد؛ فاجعه ای که هیچ کس مقصر آن شناخته نشد.

 در پایان مرحله گروهی نیز هر دو تیم ایران و ژاپن به جام جهانی صعود کردند. با این تفاوت که ژاپن پس از آن به اوج گیری خود ادامه داد اما افت فوتبال ایران با کنار رفتن محمد دادگان و برانکو ایوانکوواچ آغاز شد.