دانشگاه هایدلبرگ در سال 1386 میلادی با نام لاتین روپرتو کارولا هایدلبرگنسیس (Ruperto Carola Heidelbergensis) به فرمان کنت روپرت اول (به آلمانی: Graf Rupert I) بنیان نهاده شد. فلسفه، الهیات، حقوق و پزشکی اولین رشته‌هایی بودند که با تأسیس دانشگاه ارائه گردیدند. در سال 1378 میلادی، با مرگ پاپ گریگوری یازدهم دودستگی سختی میان کاردینال‌های فرانسوی و ایتالیایی به منظور انتخاب جانشین او ایجاد گردید. حمایت حکمرانان و رهبران مذهبی آلمان از منتخب کاردینال‌های ایتالیایی موجب شد که دانشجویان و اساتید آلمانی دانشگاه پاریس مجبور به ترک این دانشگاه شوند. کنت روپرت اول از این فرصت استفاده نمود و با تأسیس دانشگاه هایدلبرگ به جذب دانشجویان و اساتید بازگشته از فرانسه همت گماشت. بدین ترتیب در زمانی که شهر هایدلبرگ کمتر از 3600 نفر جمعیت داشت، حدود 600 نفر در دانشگاه تازه تأسیس آن ثبت نام نمودند. در سال 1806 میلادی دانشگاه هایدلبرگ پس از یک دوره رکود در فعالیت‌های علمی دوباره توسط دوک بزرگ بادن، کارل-فریدریش، فعال گردید. از آن زمان دانشگاه هایدلبرگ نام هر دو مؤسس خود یعنی روپرت و کارل را به یدک می‌کشد.

امروزه حدود 25٬000 دانشجو در دوازده دانشکده دانشگاه هایدلبرگ مشغول به تحصیل هستند. دانشکده‌های دانشگاه هایدلبرگ به شرح زیرند: دانشکده الهیات دانشکده حقوق دانشکده پزشکی دانشکده پزشکی بالینی (مانهایم) دانشکده فلسفه دانشکده زبانهای جدید دانشکده علوم اقتصادی و اجتماعی دانشکده علوم روانشناسی دانشکده ریاضی و علوم رایانه دانشکده شیمی و علوم زمین‌شناسی دانشکده فیزیک و ستاره‌شناسی دانشکده علوم زیستی